Im Süden Kolumbiens, genauer gesagt in den Regionen Putumayo, Cauca und Caquetá, nimmt die Präsenz der FARC-EP weiter zu. Auch wenn durch den bewaffneten Streik des ELN auch im Cauca öffentlichkeitswirksame Aktionen erreicht wurden, so kann es doch nicht darüber hinwegtäuschen, dass mit dem Westlichen Koordinierungskommando und seinen Strukturen der Westen in der Hand der FARC-EP ist. Ebenso sieht es mit den Provinzen Putumayo und Caquetá aus, in denen sich die Strukturen der Guerilla offen bewegen können. Einzig Konflikte zwischen den verschiedenen aufständischen Bewegungen der FARC-EP, also die beiden differenten politischen Linien, oder mit dem ELN sorgen für Spannungen. Obligatorisch bleiben als Akteure die staatlichen Sicherheitskräfte und paramilitärische Gruppen, die bekämpft werden. Klar ist, in dem bewaffneten Konflikt ist die Zivilbevölkerung das große Opfer.
Aktuell gibt es im Cauca schwere Kämpfe mit den staatlichen Sicherheitskräften und innerhalb der aufständischen Bewegung zwischen der FARC-EP und dem ELN. Die FARC-EP ist hier mit dem Westlichen Koordinierungskommando präsent, dass sich klar an die politische Linie um Iván Mordisco und Gentil Duarte stellt. Die Initiative der FARC-EP, Zweites Marquetalia, die vor über einem Jahr versuchten, Strukturen zu übernehmen, konnte fast gänzlich zurückgedrängt werden. In der südlichen Provinz Nariño gibt es hingegen noch Auseinandersetzungen um die territoriale Kontrolle. Anders hingegen sieht es in Caquetá aus, dass fast vollständig von der Linie um Mordisco und Duarte und ihre 1. und 7. Front. Nur in der Region El Pato und im Süden zur Provinz Putumayo gibt es Strukturen der FARC-EP, Zweites Marquetalia.
Im Putumayo hingegen gibt es schwere Auseinandersetzungen zwischen den beiden politischen Linien und Organisationen der FARC-EP. War zuerst die Linie um Gentil Duarte sehr präsent, die in Form der Front Carolina Ramírez ausgeübt wurde, so konnte zuletzt die FARC-EP, Zweites Marquetalia, ihren Einfluss politisch-militärisch ausbauen. Die Provinz ist geostrategisch wichtig und an der Grenze zu Ecuador gelegen. Sie war eine Hochburg der Kokabauern der 1980er und 1990er Jahre und über diese Jahrzehnte hatte die FARC-EP mit der 32. und 48. Front des militärischen Südblocks hier eine Hochburg. In den 2000er Jahren gab es harte Konflikte mit staatlich unterstützen paramilitärischen Strukturen, doch in vielen Regionen konnte sich die Guerilla durchsetzen, besonders in der Grenzregion. Mit der Niederlegung der Waffen kehrte Ruhe ein, bzw. versuchten kriminelle Strukturen das Machtvakuum zu füllen.
Mit dem Formieren der sogenannten dissidentischen FARC-EP, also den Strukturen, die dem Friedensabkommen widersprachen, keimte der Konflikt wieder auf und versuchte die aufständische Bewegung, die Hoheit wiederzuerlangen. War zuerst die Front Carolina Ramírez sehr präsent und im Kampf gegen kriminelle Strukturen aktiv, so änderte sich das Bild in der zurückliegenden Zeit. Mit der Gründung der FARC-EP, Zweites Marquetalia, vollzog sich in Putumayo eine interessante Entwicklung, nämlich Gespräche mit ehemaligen Guerilleros der 48. Front, die in jenem Moment für kriminelle Strukturen arbeiteten. Nach Gesprächen, an denen unter anderem der ehemalige Kommandant der mobilen Kolonne Teófilo Forero der FARC-EP und im Dezember getötete alias El Paisa teilnahm, konnte die Struktur „Grenzkommandos“ gewonnen werden.
Die Grenzkommandos, nun mit dem Zweiten Marquetalia verbündet unter der Führung von alias Iván Márquez verbündet, waren früher als eine La Mafia bekannte Gruppe, die sich aus ehemaligen und perspektivlosen Guerilleros der ehemaligen 48. Front der FARC-EP und aus Mitgliedern der kriminellen Gruppe La Constru zusammensetzte. Mit der Zusammenarbeit und Unterordnung unter das Zweite Marquetalia, fand eine militärische und vor allem politische Neuorientierung statt, um nun als revolutionäre Bewegung zu handeln. Das dies nicht einfach ist und auch im Zusammenhang von illegalisierten Machenschaften zu sehen ist, erklärt sich von selbst. Es ist jedoch zu beobachten, dass sich das Verhalten der Personen im Grenzkommando deutlich positiv im Kontext einer politisch-militärischen Organisation veränderte. Trotzdem wird im Allgemeinen der Konflikt von allen Akteuren mit Härte geführt.
Konzentriert sich in der Öffentlichkeit der Konflikt der beiden Linien der ehemaligen FARC-EP auf die Grenze zwischen Venezuela und Kolumbien, ist Putumayo nun ein weiteres Schlachtfeld im Konflikt zwischen den sogenannten Dissidenten Gentil Duarte und Iván Márquez geworden. Ein Großteil der Expansion der Gruppen um Mordisco und Duarte findet im Südwesten Kolumbiens statt, doch ihr Ziel ist es auch, in den Süden einzudringen, wo nun die Grenzkommandos unter der Führung des Zweiten Marquetalia sind. Aber seit dem Jahr 2020 haben die Grenzkommandos dank ihrer Präsenz in den Gemeinden Puerto Asís, San Miguel und Valle del Guamuez den Boden für die territoriale Hoheit des Zweiten Marquetalia in Putumayo bereitet. Die Frage ist, wie loyal die Grenzkommandos auch weiterhin, nach den militärischen Schlägen gegen hochrangige Kommandierende und dem Verlust der Kampfkraft, gegenüber der FARC-EP, Zweites Marquetalia, bleiben.